阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征常伴有心脏病、高血压、肺心病、糖尿病、肾病等疾病，这些疾病与阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征构成恶性循环。因此，内科治疗是必不可少的。药物治疗是内科治疗的一种方法，必要时可以作为计划序列治疗的补充手段。麻黄素可增加上气道开放、降低上气道阻力;安宫黄体酮可兴奋呼吸中枢:乙酞哇胺可增加颈动脉体活性，对部分患者有效;一些神经系统药物如氯丙咪啧对抑制快动眼睡眠有效，可减轻呼吸暂停和低氧血症。但由于药物治疗效果的不确定性及其副作用，药物治疗在临床上应用较少。